Que hacer en caso de haber fenecido plazo para interposición de apelación contra autos en materia civil

Bueno mi consulta versa de la siguiente manera:

Estimo violatorio de garantías que el juez de primera instancia civil no me tomara por acordada en tiempo y forma la contestación de demanda de un juicio ordinario civil el cual en el estado de Querétaro el plazo de la contestación de la demanda es de 9 dias,y en su acuerdo alude que existe rebeldia de mi parte debido que el plazo concedido por el fue de 5 dias(plazo que solo aplica en juicios ejecutivos y sumarios), ahora bien, el tiempo para apelar el auto ha fenecio que puedo hacer al respecto?
Acudir al amparo seria lo idonio, pero me lo desecharian por no agotar el principio de definitividad.
por lo tanto se aceptan sugerencias al respecto.
garcias