Es una pregunta interesante y seguramente Usted desea una respuesta clara y simple como es un SÍ o un NO.

Pero para decir "si" o "no" a una cuestión jurídica, no basta con "opinar" sino es necesario exponer los fundamentos, esto nos da pie a las siguientes consideraciones

En nuestro sistema constitucional, las autoridades solo pueden hacer lo que la ley les permite y para demostrar que están apegados a derecho, deben fundar y motivar sus actos, mientras que los particulares pueden hacer todo aquello que la ley no les prohiba.

En esas condiciones lo primero a tener en cuenta es si quien le está pidiendo la huella es una autoridad.

No lo es. Los criterios reiterados del Poder Judicial clasifican los actos provenientes de entidades como las que Ud. menciona como "equiparable a laborales" y por ende no se debe considerar un acto de autoridad ya que, para oponerse al mismo, difícilmente se admitiría el juicio de amparo indirecto.

Eso nos coloca en el siguiente punto ¿que es una huella digital?

Obviamente, para lo que nos importa en esta consulta, la huella digital es un dato biometrico, ya que su uso propalado es controlar la asistencia de los empleados al área respectiva, los lectores de huellas digitales actualmente son muy accesibles a nivel comercial pero lo que interesa de manera jurídica es que la huella digital, es un DATO PERSONAL conforme al artículo 3 fracción V, de la Ley Federal de Protección de Datos Personales en Posesión de Particulares.

En esas condiciones, antes de recabar su firma, es necesario verificar que el organismo cuenta con el aviso de privacidad a que se refiere la fracción I de ese mismo artículo y, conforme al numeral 9 de su Reglamento deberá cumplir con lo siguiente

Artículo 9. De acuerdo con lo previsto en el artículo 6 de la Ley, los responsables deben cumplir con los
siguientes principios rectores de la protección de datos personales I. Licitud
II. Consentimiento III. Información IV. Calidad
V. Finalidad
VI. Lealtad
VII. Proporcionalidad, y VIII. Responsabilidad.
Asimismo, el responsable deberá observar los deberes de seguridad y confidencialidad a que se refieren los artículos 19 y 21 de la Ley.