Hola rectificando ya revisé el código sustantivo penal del Estado de México y efectivamente estupro en está en este estado aplica para menores de 18 y mayores de 15 años.
En este sentido se puede realizar la denuncia correspondiente en el ministerio público más cercano y en esa misma denuncia adjuntar a la solicitud de medidas de protección hacia la todavía menor.

Denunciar pero no por el delito de estupro si no por el delito de peredastria tipificado en el código penal federal ya que en algunas legislaciones como la de Guanajuato tener relaciones con una menor de 16 es estupro y no mayor de 16.

Una vez denunciado el delito el ministerio público establecerá las medidas de protección correspondientes.