Personalmente lo invitaría a que solicitara la asesoría de algún abogado penal y le presente el caso, afortunadamente para tu amigo su patrón debe probar que fue él (tu amigo) el que robó ese dinero ya que goza de la presunción de inocencia.

No sé de que estado sea tu amigo, pero debería checar el delito de calumnia en su código penal, en el caso de Nuevo León es el artículo 235 fracción I. Mi recomendación es la siguiente:

Si tiene el documento firmado por ambas partes y tiene pruebas de que efectivamente se le acusa falsamente de robo, proceder, sin embargo, creo que debe tener cuidado y contar TODO al abogado que lo ayudará para que así pueda armar un buen argumento. Eso si es que tu amigo quiere proceder por la vía penal, también es bueno que tenga paciencia porque no creo que vaya a ser algo rápido.

En caso de que lo denuncien, tiene varios derechos (guardar silencio, presunción de inocencia, etc.) y en el caso de que tu amigo gane el caso, no podrán volver a juzgarlo por el principio de cosa juzgada y en caso de que esa denuncia le cause algún daño moral, tu amigo podría proceder a demandarlos por daño moral o podría igualmente denunciar por el delito de calumnia pero con la fracción II del artículo 235 (en caso de que sea en Nuevo León) y una sugerencia mas: No inventar cosas, en lugar de meterle cosas a la historia, es mejor usar la historia de la otra parte, es decir, usar sus puntos débiles o dudosos a favor de tu amigo.